取得二級特別關注企業專用發票如何辦理退稅，以下是數豆子整理的內容。

退稅機關對自查表分析核查后未發現明顯疑點的，可根據審核、審批程序辦理出口退稅。核查后不能排除明顯疑點的，應通過函調系統向出口貨物供貨企業所在地縣以上稅務機關發函調查，并依據復函情況按規定進行處理。

未收到復函前，對于尚未辦理的出口退稅，暫不辦理。對于復函確認供貨企業存在虛開增值稅專用發票等問題，不得辦理出口退稅。對于復函確認供貨企業存在涉嫌虛開增值稅專用發票等疑點，暫緩辦理出口退稅。待復函稅務機關再次復函排除相應疑點后，方可辦理出口退稅。對于正常業務復函，退稅機關應根據出口退稅審核審批相關規定辦理出口退稅。

根據《國家稅務總局關于下發第一批出口退稅審核特別關注信息的通知》(國稅函[2010]143號)第一條規定，出口企業從第一批出口退稅審核特別關注信息所列供貨企業購貨出口申報退稅，尚未通過審核或雖已通過審核但尚未辦理退稅的，各地稅務機關要通過發函調查或實地核查等手段加大出口退稅審核力度，核實無問題后方可辦理退稅。對已辦理退稅的，如核查發現問題，按有關規定處理。

《國家稅務總局關于下發第二批出口退稅審核特別關注信息的通知》(國稅函[2010]171號)第二條規定，出口退稅審核系統將在出口退稅審核過程中，自動比對出口企業申報信息與出口退稅審核特別關注信息并作出提示：

1。經比對發現出口企業從出口退稅審核特別關注信息所列供貨企業購貨出口申報退稅的，各地稅務機關要加大出口退稅審核力度，核實后按規定辦理。

2.經比對發現出口企業使用虛開增值稅專用發票申報退稅的，應立即轉稽查部門處理。

3.經比對發現出口企業從特別關注信息所列辦理稅務登記兩年以內注銷的增值稅企業以外的企業購貨出口申報退稅的，要對出口企業貨物起運地、購進貨物的貨款支付、運費支付等情況進行核查，查清出口企業貨物流、資金流是否合理。需進一步核實的，要通過函調或實地核查核實其真實供貨、生產能力及納稅等情況。

《國家稅務總局關于調整增值稅扣稅憑證抵扣期限有關問題的通知》(國稅函[2009]617號)中"增值稅一般納稅人取得2010年1月1日以后開具的增值稅專用發票、公路內河貨物運輸業統一發票和機動車銷售統一發票，應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額"的規定。未在規定期限內到稅務機關辦理認證、申報抵扣或者申請稽核比對的，不得作為合法的增值稅扣稅憑證，不得計算進項稅額抵扣?！秶叶悇湛偩株P于廢止逾期增值稅扣稅憑證一律不得抵扣規定的公告》(國家稅務總局公告2011年第49號)主要內容是：廢止《國務院辦公廳轉發國家稅務總局關于全面推廣應用增值稅防偽稅控系統意見的通知》(國辦發〔2000〕12號)中的第三條"凡逾期未申報認證的，一律不得作為扣稅憑證，已經抵扣稅款的，由稅務機關如數追繳，并按《中華人民共和國稅收征收管理法》的有關規定進行處罰"的規定?！秶叶悇湛偩株P于逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》(國家稅務總局公告2011年第50號)規定：對增值稅一般納稅人發生真實交易但由于客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對后，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。增值稅一般納稅人由于除本公告第二條規定以外的其他原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，仍應按照增值稅扣稅憑證抵扣期限有關規定執行。所以，增值稅一般納稅人在2010年1月1日后取得的增值稅專用發票，除另有規定外，仍應在開具之日起180日內到稅務機關辦理認證，并在認證通過的次月申報期內，向主管稅務機關申報抵扣進項稅額。如您公司因客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，可按照(國家稅務總局公告2011年第50號)公告附件《逾期增值稅扣稅憑證抵扣管理辦法》的規定，向主管稅務機關申請辦理逾期抵扣手續。

取得二級特別關注企業專用發票如何辦理退稅？綜合以上內容所述，其實我們都知道針對企業辦理退稅的情況，往往都是需要準備自查表向主管機關申請的，然后再由部門審核無誤后退稅；如果審查有疑點的都會請求當地進行協查的，這里還有很多相關的資料可以免費學習的，歡迎你們來關注本網站。