獨立核算的分公司由于不是獨立的法人組織，分公司繳納企業所得稅時，可以分為兩種情況：

1、獨立申報納稅

獨立的分公司，在獨立核算的前提下，可以選擇獨立申報納稅。這個時候，分公司可以按照獨立的“組織”申報企業所得稅。

在這樣的情況下，分公司不管是虧損還是盈利，都不會影響總公司的財務報表。

2、匯總申報納稅

對于分公司而言，不管是選擇獨立核算還是非獨立核算，都可以選擇與總公司一起申報企業所得稅。

在匯總申報企業所得稅時，總公司與分公司之間按照“統一計算、分級管理、就地預繳、匯總清算、財政調庫”的指導方針申報納稅。

具體來說，總公司和分公司把相關數據統一計算出來以后，按照收入、總資產和工資總額的權重分攤各自需要承擔的企業所得稅。然后，分公司與總公司在當地預繳，最后由總公司進行匯繳清算。

獨立核算的分公司，匯總申報企業所得稅時如何分攤？

總的分攤辦法是總公司承擔50%，分支機構分攤50%。

1、總公司

對于總公司分攤的50%來說，其中的一半需要就地辦理繳納，另一半需要就地全額繳入中央國庫。

2、分公司

對于分公司來說，如果只有一個，那么這個分公司直接承擔分攤的50%企業所得稅即可。如果有多個分公司，就需要按照收入、資產和工資的權重進行再次分攤。

根據《跨省市總分機構企業所得稅分配及預算管理暫行辦法》的規定可知，經營收入、資產總額和職工工資三個因素的權重依次為0.35、0.30和0.35。

舉例說明：

甲公司是總機構，同時也是管理機構，且不參與具體的生產經營。甲公司下面有2個分支機構，即乙公司和丙公司。

2022年第一季度時相關數據如下，乙公司營業收入500、職工薪酬250、資產總額200；丙公司營業收入1000、職工薪酬420、資產總額780。

若2022年第一季度該集團公司應納稅所得額是10000，且總、分公司均適用25%的企業所得稅稅率。應納所得稅額=10000*25%=2500。

季度預繳時，總機構甲公司分攤的預繳稅額=2500*50%=1250。

兩個分公司分攤的預繳稅額=2500*50%=1250。

其中：

乙公司的分攤比例=（500/1500）×0.35+（250/670）×0.35+（200/980）×0.30=0.31。

丙公司的分攤比例=（1000/1500）×0.35+（420/670）×0.35+（780/980）×0.30=0.69。

所以，乙公司應預繳的企業所得稅=1250*0.31=387.5。

丙公司應預繳的企業所得稅=1250*0.69=862.5。