如果企業實際稅負率遠遠低于同行，那么稅務局將會重點監控或稽查，一般稅務專管員會給企業一個稅負率，只要不低于各行業稅負率一般就沒問題。
增值稅稅負率低的原因有哪些？
第一，商業企業中普遍存在的“返利銷售”行為，是導致商業企業稅負偏低的一個原因。返利銷售是指生產企業以商業企業的銷售價格或高于商業企業銷售價格的價格，將貨物銷售給商業企業，并以此價格開具增值稅專用發票，而商業企業以進貨價格或低于進貨價格的價格進行銷售，生產企業則以返還利潤等方式彌補商業企業的進銷差價損失。這樣做的結果是，商業企業銷售“返利銷售”的貨物，銷項稅額等于甚至小于進項稅額，應納稅額也為零或為負數，在“返利銷售”行為的作用下，商業企業的稅負必然下降。
第二，由于市場競爭的結果，商業企業不得不降低銷售價格，減少銷售毛利，這就使得商業企業實現的增值減少，其計繳的增值稅也會相應減少。競爭是市場經濟的最根本要求。只有競爭才能實現優勝劣汰，才能促進企業的進步，使企業在既有壓力又有動力的環境中不斷提高自身素質和經濟效益。在市場總需求一定的情況下，商業企業和個體商業（這里僅指小規模納稅人）在市場中所占的份額是一種此消彼長的關系。個體商業的經濟具有靈活多樣的特點，其各項費用和其他負擔相對較輕，在商品銷售中往往采用薄利多銷的方式。另外，稅收在公平稅負方面還存在不足，使得商業企業與個體商業存在不公平競爭的現象。由于個體商業經營者無帳或帳務不健全，稅務機關對其銷售額難以準確掌握，所以，稅務機關對個體商業經營者大多采用定期定額的征收方式。這樣做的結果是個體商業經營者實際繳納的稅款與按其實際銷售額計算的應納稅存在相當大的差距，從這一點看個體商業與商業企業相比處于競爭中的有利位置。這些有利的條件使得個體商業的發展很快，在市場份額中所占比重逐漸增大，對商業企業的經營產生沖擊。商業企業為了降低所受影響的程度，就不得不采取各種促銷形式，降低銷售價格就是最常用、最主要、也是比較行之有效的措施之一。商品銷售價格的降低，導致商品流通環節增值額的減少，根據增值額計征的增值稅也必然減少，在商業企業進貨價格不變的情況下，其稅負必然下降。
第三，現行增值稅政策存在不完善的地方，稅務機關的征管不夠嚴格，這給一些商業企業提供了可乘之機。如：現行政策對購進農副產品的抵扣問題是這樣規定的：一般納稅人在購進免稅農產品時，不能從銷貨方取得專用發票，可以開具免稅農產品專用收購發票，依據這一發票，按10％的扣除率計算進項稅額，予以抵扣。商業企業可以向稅務機關申請領購收購發票，由企業自己開具。這樣，商業企業就有了自主權，可以根據需要開具收購發票，從農業生產者手中購買農產晶時開具收購發票，從非農業生產者手中購買貨物也開具收購發票，甚至可以以當月的進銷項差額倒推，憑空開具收購發票，以達到調節應納稅額的目的。另一問題是抵扣時限問題，雖然政策規定商業企業購進貨物必須在支付貨款后才能抵扣其進項稅，但這一規定在具體操作上多有不便，稅務機關對此也疏于管理，所以很多商業企業沒有嚴格執行抵扣時間的規定。增值稅應納稅額為銷項稅額減去進項稅額。因此，商業企業不惜大量進貨，增加庫存，以取得增值稅專用發票用于抵扣，這就使得商業企業在相當長的時期內稅負偏低。
第四，商業企業在會計核算上做手腳，遲作銷售，調節應納稅額；有的甚至在銷售商品時直接沖減庫存商品或銷售費用，隱匿銷售收入。在檢查過程中發現，有的商業企業月末根據本月銷項稅額與進項稅額的具體情況，在會計核算上進行處理，如應納稅額較大，就把一部分應該記人“商品銷售收入”帳戶的收入先記在“其他應付款”、“預收帳款”帳戶，待到應納稅額較小時，再轉入“商品銷售收入”帳戶，計算納稅；有的直接借記“銀行存款”，貸記“庫存商品”或“銷售費用”，不做銷售收入的帳務處理。
第五，一些小納稅人在商業企業內部設立柜臺，掛靠商業企業，使用商業企業的一般納稅人資格，其進貨取得的增值稅專用發票，交由商業企業用于抵扣稅款，這樣也會使商業企業的稅負降低。商業企業中普遍存在著出租柜臺的情況，一些個體經營者租賃商業企業的柜臺，與商業企業一起經營，稅務機關對這些達不到一般納稅人標準的個體經營者采取“定期定額”的征收方式，其不存在抵扣進項稅的問題，而他們以商業企業的名義進貨取得專用發票交由商業企業抵扣，或許還會得到商業企業給予的好處，所以他們樂此不疲，同時商業企業也從中得到了好處，少納了稅款。
第六，當前增值稅專用發票領域存在的違法犯罪行為，也會降低商業企業的稅負水平。在經濟利益的驅動下，一些違法犯罪人員利用各種手段，虛開、代開甚至出售空白的增值稅專用發票，而商業企業就是這種行為的一個買方市場，他們支付一定的手續費，便可以取得貨假票真的專用發票，然后混入其他合法取得的增值稅專用發票中，一同抵扣進項稅。
另外，商業企業發生的退貨，商品非正常損失未沖減進項稅額；運費抵扣不規范，雜費、郵寄費及非運輸單位開具的普通發票也計算抵扣進項稅額；用于集體福利和個人消費的購進商品未作進項稅額轉出處理等原因也會降低商業企業的稅負。
通過以上分析不難看出，造成企業增值稅稅負率偏低的原因是多方面的，有政策上的，有征管上的，也有人為的，我們只有對癥下藥，采取積極有效的措施，才能改變目前增值稅稅負偏低的狀況。下面就提高增值稅稅負水平談幾點對策。
第一，對于商業企業的“返利銷售”行為，政策規定依所購進貨物的增值稅稅率計算應沖減的進項稅額。但企業自己不會主動暴露其所收到的返還資金或實物，這就要求稅務機關在檢查時有所側重，尤其要重視商業企業和與其有業務關系的生產企業之間的往來帳戶，發現疑點，一查到底，使這種行為達不到它預期的目的。
第二，加強商業小規模納稅人的登記管理，通過定期或不定期的檢查，把漏征漏管的業戶納入正常征管范圍。同時強化對商業小規模納稅人的財務管理，督促其建帳建制，真實準確地反映起經營狀況。通過加強對小規模納稅人的管理，消除其在稅收方面的有利條件，公平稅負，創造公平競爭的市場環境。
第三，實行商業企業銷售商品逐筆開具發票制度，嚴禁用白條以及其它非法憑據代替發票使用，實現以票控稅。加強宣傳，采取形式多樣的方法宣傳發票在保護消費者合法權益和稅收管理方面的重要作用，培養廣大消費者購買商品時自覺索要發票的習慣。
第四，對商業企業可采用“本期銷售扣稅法”，即對本期實現銷售的進項稅額允許抵扣，這樣可以杜絕企業通過突擊進貨，加大庫存，增加進項稅額，從而達到不納增值稅這種現象的發生，促使企業保持合理的庫存，加速存貨的周轉，提高資金的使用效益。同時，企業本期的銷項稅額、進項稅額核算統一按權責發生制確認，稅務機關不必再查驗進項發票付款與否，從而簡化了征管手續。
第五，完善增值稅制，把交通運輸業納入增值稅的征收范圍。交通運輸業改征增值稅，有利于保障增值稅抵扣鏈條的連續性，有效地解決低征高扣的矛盾，促進增值稅的規范。加強免稅農產品收購發票的使用管理，經常進行實地的核查，督促用票單位嚴格按規定領購使用收購發票，做到票符貨實。
第六，加大對商業企業的稽查力度，力爭查深查透。對可能存在問題的帳戶如：“預收帳款”、“其他應付款”、“待處理財產損益”、“營業外支出”等要重點檢查，弄清每筆業務的真實內容，減少隱匿收入和偷逃稅款的藏身之處。要加強對稅務人員的業務知識培訓，提高技能，使其能征善查。
第七，嚴格執行稅法，加大處罰力度，查處一個震懾一片，使處罰能起到作用。如果對偷逃稅行為查而不處，以補代罰，以罰代刑或處罰較輕，都難以起到威懾作用，甚至引起其他納稅人爭相效仿。稅務機關要謹防開具“空頭支票”，減少執法的隨意性，維護稅務處罰的嚴肅性。
第八，加強增值稅專用發票的管理，嚴厲打擊各種涉及專用發票的違法犯罪行為。各級國稅機關應加強增值稅專用發票管理，建立增值稅專用發票管理責任制。搞好防偽稅控系統建設，提高計算機稽核的有效性，建立全國范圍內的信息網絡，做到對專用發票能自動進行交叉稽核，及時發現利用專用發票進行偷騙稅的行為，從根本上解決增值稅專用發票犯罪屢有發生的狀況。
參考閱讀：
增值稅稅負率怎么算_計算公式是什么？
行業增值稅稅負率行業標準大全
