行政事業單位的預算控制主要有以下幾個方面：

（一）預算的概念

預算是指行政事業單位結合管理服務目標及資源調配能力，經過綜合計算和全面平衡，對當年或者超過一個年度的管理服務和財務事項進行相關經費、額度的測算和安排的過程。

行政事業單位應當建立預算管理體系，明確預算編制、審批、執行、分析、考核等各部門、各環節的職責任務、工作程序和具體要求。

（二）預算的編制

事業單位預算管理部門主要負責擬訂預算目標和預算政策；制定預算管理的具體措施和辦法；組織編制、審議、平衡年度預算草案；組織下達經批準的年度預算；協調、解決預算編制和執行中的具體問題；考核預算執行情況，督促完成預算目標。

單位應當加強對預算編制環節的控制，對編制依據、編制程序、編制方法等作出明確規定，確保預算編制依據合理、程序適當、方法科學。

單位可以選擇或綜合運用固定預算、彈性預算、零基預算、滾動預算、概率預算等方法編制預算。

（三）預算的執行

對預算指標的分解方式、預算執行責任制的建立、重大預算項目的特別關注、預算資金支出的審批要求、預算執行情況的報告與預警機制等作出明確規定，確保預算嚴格執行。建立預算執行責任制度，對照已確定的責任指標，定期或不定期地對相關部門及人員責任指標完成情況進行檢查，實施考評。

單位預算管理部門應當運用財務報告和其他有關資料監控預算執行情況，及時向單位決策機構和各預算執行單位報告或反饋預算執行進度、執行差異及其對預算目標的影響，促進預算目標的全面完成。

（四）預算的調整

需要調整預算的，應當報經原預算審批機構批準。

（五）預算分析與考核

行政事業單位應當加強對預算分析與考核環節的控制，通過建立預算執行分析制度、審計制度、考核與獎懲制度等，確保預算分析科學、及時，預算考核嚴格、有據。