行政事業單位內部控制薄弱的主要原因有以下幾個方面：

1. 內部控制觀念淡薄

良好的內部控制意識是內部控制制度設計完善和有效運行的基本前提。但一些單位的領導對內部控制制度重要性的認識還不到位，內控意識不強，重發展、輕控制，對內部控制知識缺乏基本了解，把內部控制看成僅是財務部門的事。

2.內部控制制度不完善

財政部制定的《內部會計控制規范》主要是針對企業的，對行政事業單位的適用性較差；有的單位雖然制定了一系列內控制度，但未能嚴格執行，對制度的執行及效果缺乏必要的監督，導致有章不循、違章不究，內部控制制度未能發揮應有的作用。

3.信息與溝通銜接不夠

行政事業單位會計集中核算后，由會計核算中心對行政事業單位集中辦理會計核算和監督業務，由于會計主體單位與核算部門不一致，雙方溝通銜接不夠，極易形成賬物分離的資產管理現狀，造成核算中心管賬不管物、核算單位管物不管賬、賬物不符的問題，影響單位內部控制制度的有效實施。

4.管理人員業務素質不能適應內部控制工作的需要

管理人員競爭意識差，缺乏創新精神，業務素質難以滿足實施內部控制和監督的要求。

5.外部監督對單位內部控制健全性和有效性的監督檢查不夠

目前作為行政事業單位主要外部監督力量的財政、審計部門，大多偏重于對單位財政資金的運用是否合法、合規進行監督，較少對被審計單位是否建立有效的內部控制制度以及有效執行加以實質性檢查。缺少有效的外部監督，使行政事業單位內部控制制度體系完善失去外部推動力和約束機制。